Plateforme d'Imagerie et de Caractérisation des Anomalies et Dommages dans l'ADN (PIC-ADN)

Institut Paoli Calmettes

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Responsable de plateforme

Responsable de plateforme

La Plateforme d'Imagerie et de Caractérisation des Anomalies et Dommages dans l'ADN (PIC-ADN) propose un plateau technique de microscopie photonique, incluant la microscopie champ large, confocale et à lumière structurée et un service de prestation pour l'étude de l'instabilité génomique. Elle fournit des équipements pour l’analyse d’échantillons, qu’ils soient fixés ou observés en dynamique. Ouverte aux équipes du CRCM et aux partenaires privés, elle offre également des services de formation, de conseil, d’assistance en traitement d’images.

La Plateforme d'Imagerie et de Caractérisation des Anomalies et Dommages dans l'ADN s’organise essentiellement autour des techniques de Microscopie photonique : microscopie champ large, confocale et à lumière structurée…
Elle offre un ensemble cohérent de matériels qui permet de travailler par différentes méthodes d’exploration : soit sur cellules ou fragments de tissus fixés sur échantillons fluorescent ou colorés, soit sur des échantillons étudiés de manière dynamique, que ce soit via des techniques de fluorescence ou de contraste de phase.
Cette plateforme est partagée par toutes les équipes du CRCM et ouverte aux partenaires privés. Elle offre des prestations de formation, de conseils, d’aide à l’interprétation, de mise au point, de traitement et d’analyse d’image, de veille technologique, de gestion et d’organisation. Elle propose également un service de prestation pour l'étude de l'instabilité génomique allant de la préparation des échantillons à la mise en forme de figure en passant par l’acquisition d'image et l'analyse des données.

La plateforme est animée et coordonnée par un ingénieur d'études et comprend les équipements suivants :

> Un microscope confocal LSM 880 Zeiss équipé du module d'amélioration Airyscan.
> Un microscope Confocal AX NIKON équipé d'un module de FRAP UVA (365nm).
> Un microscope confocal multi-point équipé d’un « spinning disk », d’un système de FRAP , FLIP , photo-activation, ainsi qu’une capacité de travail en mode TIRF.
> Un microscope à fluorescence à lumière structurée type Apotome (Zeiss) équipé d’une caméra couleur pour échantillons colorés.
> Deux microscopes à fluorescence équipé pour le time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics et Olympus).
> Un microscope à fluorescence équipé pour le peignage moléculaire.
> Un scanner de lame en fluorescence Genomic vision.
> Des stations informatiques de traitement et d’analyse d’images.

La plateforme est en perpétuelle évolution pour s’adapter au mieux à la réalité des projets et aux besoins des utilisateurs.

Équipements

Confocal LSM 880 + Airyscan
LSM 880 spectral + module Airyscan , 2 PMT + 1GaAsP spectral, Statif inversé et motorisé. Longueurs d'ondes d'excitation une diode UV (405nm), 3 lasers dans le visible (un laser argon multi-raies à 458 nm, 488 nm, et 514 nm, d’un DPSS à 561 nm et d’un HeNe 633 nm). Objectifs : 10X/NA 0.3 ; 20X/NA 0.8; 25X/NA 0.8 ; 40X/NA 1.3 ; 63X/NA 1.4; 100X/NA 1.4. Le microscope est équipé d'une chambre thermorégulée permettant l’acquisition d’échantillons vivants au cours du temps. Le module analyse spectrale permet de soustraire l’autofluorescence, ou de séparer des fluorochromes dont les spectres d’excitation et d’émission se recouvrent. Le module Airyscan permet d’améliorer la résolution.

image d'illustration de l'équipement confocal LSM 880
Confocal AX NIKON + FRAP UV
Confocal NIKON AX + module FRAP UVA , 1 HS-PMT + 3 GaAsP , Statif inversé et motorisé + système de maintien de focus. Longueurs d'ondes d'excitation : 405nm, 488 nm, 561 nm et 633 nm. Pour le module de FRAP UVA un laser continu 360nm. Objectifs : 10X/NA 0.45 ; 20X/NA 0.75; 25X/NA 0.8 ; 40X/0.75NA; 40X/1.15NA; 40X/NA 1.3 ; 60X/NA 1.4; 100X/NA 1.4. Le microscope est équipé d'une chambre thermorégulée permettant l’acquisition d’échantillons vivants au cours du temps.

image d'illustration de l'équipement confocal AX NIKON
Confocal Spinning-Disk ZEISS
Statif inversé ZEISS Axio Observer Z1 + système de maintien de focus. Tête de spinning : Yokogawa CSU-X1A double Caméra et double roue de filtres d’émission 2 x 6 positions. Sortie mode TIRF : 1 Caméra . Cameras Photometrics EM-CCD Evolve. Système d'illumination : Système ILas 2; banc 4 lasers (405nm, 491, 561, 642 nm). Objectifs : 10X/NA 0.3 ; 40X/NA 1.3 ; 63X/NA 1.46; 100X/NA 1.45. Le microscope est équipé d'une chambre thermorégulée permettant l’acquisition d’échantillons vivants au cours du temps. Jusqu’à 30 images/seconde sur deux canaux fluorescents simultanément en mode Spinning. Travail en Mode TIRF (Total Illumination Reflexion Microscopy) 2 Couleurs GFP & mCherry. Système de FRAP (Fluorescent Recovery After Photobleaching) Analyse de la dynamique moléculaire.

image d'illustration de l'équipement confocal spinning-disk ZEISS
Microscope APOTOME ZEISS
Microscope à illumination structurée pour améliorer le contraste et la résolution des images grâce à un système de projection de grille qui élimine la lumière hors plan focal. Excitation par LED XYLIS permettant l'acquisition jusqu'à 4 fluorochromes. Z-stack et Tilescan avec stiching. Camera ORCA FLASH4 LT+ Hammamatsu Caméra couleur pour l'acquisition d'échantillons colorés. Objectifs : 10X/NA 0.3; 25X/NA 1.2; 40X/NA 1.3; 63X/NA 1.4; 100X/NA 1.4.

image d'illustration de l'équipement Microscope APOTOME ZEISS
Vidéomicroscope ZEISS
Microscope champ large dédié à l'acquisition d'échantillon en Time-lapse. Excitation en fluorescence par lampe DG4 permettant l'acquisition jusqu’à 4 fluorochromes et/ ou en contraste de phase. Logiciel de pilotage METAMORPH Time-lapse, multiposition, z-stack mosaique Caméra sCMOS BT-fusion Hammamatsu Objectifs: 5X/NA 0.15; 10X/NA 0.3; 40X/NA 0.6; 63X/NA 1.4

image d'illustration de l'équipement Vidéomicroscope ZEISS
Vidéomicroscope Olympus
Microscope champ large dédié à l'acquisition d'échantillon en Time-lapse. Excitation en fluorescence par lED XYLIS permettant l'acquisition jusqu'à 4 fluorochrome et/ ou en contraste de phase. Logiciel de pilotage CellSens Time-lapse, multiposition, z-stack mosaique Camera ORCA FLASH4 LT+ Hammamatsu Objectifs: 4X/NA 0.15; 10X/NA 0.3; 40X/NA 0.6; 63X/NA 1.4

Scanner de lame en fluorescence
Scanner de Lame automatique en fluorescence Genomic Vision. Permet de scanner en intégralité et automatiquement jusqu'à 12 lames et jusqu'à 3 fluorochromes. Caméra Lumencor Pco edge 4.2. Excitation par LED Lumencor 6 canaux. Objectif ZEISS 40X/NA 0.95. Filtre disponible : CY2/CY3/CY5.

image d'illustration de l'équipement Scanner de lame en fluorescence

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Lee, L., Oliva, A. B. P., Martinez-Balsalobre, E., Churikov, D., Peter, J., Rahmouni, D., Audoly, G., Azzoni, V., Audebert, S., Camoin, L., Mulero, V., Cayuela, M., Kulathu, Y., Geli, V., & Lachaud, C.

09/2023

 Castro-Cruz, M., Hyka, L., Daaboul, G., Leblanc, R., Meeussen, S., Lembo, F., Oris, A., Van Herck, L., Granjeaud, S., David, G., & Zimmermann, P.

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Kashyap, R., Balzano, M., Lechat, B., Lambaerts, K., Egea-Jimenez, A. L., Lembo, F., Fares, J., Meeussen, S., Kügler, S., Roebroek, A., David, G., & Zimmermann, P.

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