Histopathologie Expérimentale ICEP
Emilie Agavnian
Technicienne
Lorène Ferreira
Technicienne
Marion Rubis
Assistante-Ingénieure
Muge Kaya
Praticien Hospitalier
Nils Collinet
Ingénieur
Située à l’interface entre l’Institut Paoli-Calmettes (IPC) et le Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), ICEP a pour vocation d’offrir une aide et une expertise à la réalisation du versant histologique des projets de recherche clinique, translationnelle et fondamentale du site. ICEP réalise aussi des prestations pour des partenaires académiques et des industriels.
La plateforme ICEP offre des prestations de service en histotechnologie telles que la fabrication de blocs et de Tissus Micro Arrays, la coupe d'échantillons congelés et/ ou fixés en formol et inclus en paraffine, la réalisation de colorations histologiques et d'immunomarquages, la numérisation des lames, l'analyse d'images et l'analyse anatomopathologique.
ICEP a également pour vocation de développer les technologies innovantes de multiplexe spatiale. ICEP est le “site pilote cancer” pour promouvoir la technologie MACSima de chez Miltenyi. Cet automate, dédié à la technologie multiplexe protéomique, permet de mesurer plusieurs dizaines de marqueurs de façon simultanée sur un échantillon. Il est ainsi possible de cartographier précisément la tumeur, l'infiltrat immunitaire et les cellules du microenvironnement avec une résolution unicellulaire.
Les technologies multiplexes transcriptomiques spatiales Visium HD et Xénium de chez 10X Genomics sont actuellement en phase de mise en place. Ces technologies, permettant le profilage de 300 à 5000 gènes à la résolution subcellulaire, sont un outil révolutionnaire dans la caractérisation des différents types cellulaires d’un tissu, des voies de signalisation ou encore des interactions cellule-cellule.
Ces équipements s’inscrivent dans le cadre de projets de recherche translationnelle et clinique (aide à la décision thérapeutique). Ils sont destinés à la découverte de nouvelles cibles thérapeutiques et de nouveaux biomarqueurs pour le diagnostic et révolutionnent la compréhension de la genèse et de la progression tumorale ainsi que la réponse au traitement de chaque cancer.
Équipements
- Cryostat, Microm NX70 : Appareil permettant de réaliser des coupes fines de tissus congelés.
- Microtome, Leica RM2235 : Appareil utilisé pour la coupe fine de tissus fixés et inclus en paraffine.
- Microtome, Microm HM340E avec système Niagara : Appareil permettant de réaliser des coupes fines d’échantillons précieux et de toute petite taille fixés et inclus en paraffine en préservant au maximum le matériel biologique.
- Vibratome, Leica VT 1200S : Appareil permettant de couper des tissus avec précision sans congélation ou enrobage.
- Tissue Arrayer, Excilone Minicore 3 : Équipement permettant d’inclure dans un même bloc de paraffine plusieurs centaines de biopsies prélevées à partir de différents blocs donneurs.
- Automate d’Immunohistochimie, Roche Discovery Ultra : Automate permettant de réaliser des marquages immunohistochimiques (IHC) et immunofluorescents (IF) en simple ou multimarquages.
- Microscopes, Nikon Eclipse Ci : Instrument d'optique à très fort grossissement qui permet d'observer des éléments microscopiques en lumière blanche.
- Microscope 2 têtes, Leica DMLB2 : Instrument d'optique à très fort grossissement qui permet d'observer des éléments microscopiques en lumière blanche à deux observateurs.
- Microscope fluorescence, Leica DMRXA : Instrument d'optique à très fort grossissement qui permet d'observer des éléments microscopiques en fluorescence.
- Caméra, Nikon MBA95000 : Permet de visualiser à plusieurs les lames histologiques observées au microscope et de faire des captures.
- Scanner de lames, Hamamatsu Nanozoomer 2.0 HT : Permet de numériser les lames histologiques en fond clair. Capacité de 210 lames. Scans de lames entières à un grossissement X20 ou X40.
- Scanner de lames, Hamamatsu S60 V2 fluo : Permet de numériser les lames histologiques en fond clair et en fluorescence. Possibilité de numériser des méga-lames. Capacité de 60 lames standards ou 30 méga-lames. Scans de lames entières à un grossissement X20 ou X40.
- Prep Station, Nanostring Ncounter Dx : Permet de préparer les échantillons en vue d’un test d’expression multigénique.
- Analyseur digital, Nanostring Ncounter Flex : Permet de mesurer l’expression de plusieurs centaines de gènes d’un même échantillon.
- Technologie Multiplex de Protéomique Spatiale, MACSima Miltenyi : Permet de réaliser le marquage de plusieurs dizaines à centaines de protéines sur un même échantillon FFPE ou FF.
- Technologie de transfert de sondes transcriptomiques, Visium Cyt'Assist (10x Genomics) : Instrument facilitant le transfert de sondes transcriptomiques depuis des lames de verre standard vers les lames Visium, en vue d'un profilage spatial du transcriptome complet avec une résolution cellulaire sur une coupe de tissu provenant d'échantillons FFPE et/ou FF.
- Technologie Multiplex de Transcriptomique Spatiale, Xenium (10x Genomics) : Technologie permettant de réaliser un profilage transcriptomique (jusqu'à 5000 gènes) à la résolution sub-cellulaire.
- Logiciel d'Analyse d'Images, Calopix Research (Tribun) : Calopix permet de visualiser, annoter et partager des lames virtuelles. Ce logiciel permet également de faire de la quantification via différents algorithmes, mais aussi par apprentissage (Machine learning), des mesures et est d'une aide précieuse dans l'identification et l'analyse des spots de TMAs.
- Logiciel d'Analyse d'Images, MACSiQ Miltenyi : MACSiQ permet de visualiser, quantifier et analyser l’expression de plusieurs dizaines voire centaines de protéines d’un même échantillon (3 licences dont 2 accessibles sur réservation).
- Licence de visualisation d'images, NDP View2 (Hamamatsu) : Outil de visualisation des lames numérisées en fond clair ou en fluorescence.
- Logiciel d'alignement et de visualisation, Loupe browser (10x Genomics) : Outil permettant l'alignement des images provenant du Cyt'Assist, d'un scanner de lames haute résolution et des données de séquençage issues des technologies Visium SD et HD.
- Logiciel d'analyses, Space ranger (10x Genomics) : Outil regroupant un ensemble de pipelines d'analyse qui traitent les données Visium avec des images au microscope à fond clair ou à fluorescence, permettant aux utilisateurs de cartographier l'ensemble du transcriptome dans une variété de tissus.
- Logiciel de visualisation et d'analyses, Xenium Explorer (10x Genomics) : Outil de visualisation des données issues de la technologie Xenium. Xenium Explorer permet de visualiser la localisation des transcrits à une résolution cellulaire voire sub-cellulaire, de faire de la segmentation.
Exemples de projets
RESPONSABLE PROJET
Marc Lopez
RESPONSABLE PROJET
Daniel Olive
Membres du projet :
Anne FarinaIngénieure
Marion RubisIngénieure
Muge KayaPraticienne Hospitalière
Emmanuelle CharafeChercheuse-Praticienne Hospitalière
Validation histologique d'un conjugué anticorps-médicament dans le cancer du sein
La plateforme ICEP a participé activement au développement d’un nouvel anticorps thérapeutique de type ADC. La cible et l'anticorps ont été développés au CRCM et ont conduit à la fondation de la biotech Emergence Therapeutics ainsi qu’à la mise en place d'un essai clinique de phase I en mars 2024 aux Etats-Unis et début 2025 en France, notamment sur le site de l'IPC.
Membres du projet :
Nils CollinetIngénieur
Marion RubisIngénieure
Lorène FerreiraTechnicienne
Anne FarinaIngénieure
Michel Aurrand-LionsChercheur
Action Structurante "Spatiale Transcriptomics" (ST)
L'Action Structurante Transcriptomique Spatiale a pour ambition de faciliter le déploiement à Nice/Sophia Antipolis et Marseille de l’équipement de pointe nécessaire aux analyses ST, constituer un groupe de travail composé de chercheurs et d’ingénieurs en histogénomique et de bioinformaticiens spécialisés dans toutes les étapes allant de la production à l'analyse des données cellule unique et ST et leur validation, faire progresser les connaissances sur la diversité des cellules tumorales et l'infiltration immunitaire pour deux grands types de cancers, développer des méthodes d'analyse spatiale du répertoire des récepteurs immunitaires adaptatifs (AIRR), et fournir des formations et des solutions logicielles d'analyse/exploration pour permettre à la communauté du Cancéropôle PACA d’acquérir rapidement le savoir-faire indispensable dans ce domaine.
Membres du projet :
Marion RubisIngénieure
Emilie AgavnianTechnicienne
Flora PoizatChercheuse
GEMPRED-RETRO-IPC 2021-070
Description : Identification d’une signature moléculaire de réponse à la Gemcitabine chez les patients avec un adénocarcinome pancréatique métastatique. Ce projet a permis d'appliquer la signature GemCore à l'étude de phase IV non comparative évaluant l'efficacité d'une chimiothérapie de première ligne par gemcitabine chez des patients ayant un adénocarcinome pancréatique métastatique de statut GemCore+ non candidats à un traitement par FOLFIRINOX.
Membres du projet :
Nils CollinetIngénieur
Marion RubisIngénieure
Lorène FerreiraTechnicienne
Anne FarinaIngénieure
Emilie AgavnianTechnicienne
Organisation Spatiale du microenvironnement médullaire dans les hémopathies myéloïdes (OS3M-IPC 2024-026)
Le pronostic des syndromes myélodysplasiques (SMD) a longtemps reposé sur la mesure du score R-IPSS qui tient compte de la cytopénie, des altérations cytogénétiques et de la quantité de blastes dans la MO au diagnostic. Depuis la publication d’un score moléculaire en 2022 (IPSS-M), la stratification des patients a largement été raffinée. L’IPSS-M a été validé dans plusieurs études et représente une avancée significative pour la sélection des patients éligibles à la greffe. Néanmoins, il ne permet pas de prédire la réponse chez les patients traités par agents hypométhylants, suggérant que des facteurs microenvironnementaux puissent également jouer un rôle dans l’évolution des SMD en leucémie aigüe myéloïde. Il y a donc un impérieux besoin d’identifier les altérations du micro-environnement de la moëlle osseuse qui permettraient de mieux prédire l’évolution de la maladie. Cette question est adressée dans ce projet en combinant des études de protéomique et de transcriptomique spatiale sur des coupes histologiques de tissu osseux.
Enseignement et Formation
- Formations internes des utilisateurs.
- Enseignements en Licence 1 Pro BIBBI, Master 1 et 2 Biologie Santé - Parcours Technologie Santé.
- Encadrement/Formation/stages : BTS, Master 1 et 2, étudiants en thèse.
les publications à la une
11/2024
Marc Lopez, Emerence Crompot, Emmanuelle Josselin, Anne Farina, Marion Rubis, Remy Castellano, Joanna Fares, Maria Wehbe, Yves Collette, Emmanuelle Charafe, Stéphanie Blanchin, François Romagne, Anikó Pálfi, Torsten Hechler, Andreas Pahl, Hatem A Azim Jr, Florence Lhospice, Emilie Mamessier, François Bertucci, Jack Elands, Xavier Préville, and Daniel Olive.
04/2023
Adrienne Anginot, Julie Nguyen, Zeina Abou Nader, Vincent Rondeau, Amélie Bonaud, Maria Kalogeraki, Antoine Boutin, Julia P Lemos, Valeria Bisio, Joyce Koenen , Lea Hanna Doumit Sakr, Amandine Picart, Amélie Coudert, Sylvain Provot, Nicolas Dulphy, Michel Aurrand-Lions, Stéphane J C Mancini, Gwendal Lazennec, David H McDermott, Fabien Guidez, Claudine Blin-Wakkach, Philip M Murphy, Martine Cohen-Solal, Marion Espéli, Matthieu Rouleau, Karl Balabanian.
05/2020
Richart L, Picod-Chedotel ML, Wassef M, Macario M, Aflaki S, Salvador MA, Héry T, Dauphin A, Wicinski J, Chevrier V, Pastor S, Guittard G, Le Cam S, Kamhawi H, Castellano R, Guasch G, Charafe-Jauffret E, Heard E, Margueron R, Ginestier C.
04/2021
Fayad R, Rojas MV, Partisani M, Finetti P , Dib S, Abelanet S, Virolle V, Farina A, Cabaud O, Lopez M, Birnbaum D, Bertucci F, Franco M, Luton F.
04/2017
M-Rabet M, Cabaud O, Josselin E, Finetti P , Castellano R, Farina A, Agavnian-Couquiaud E, Saviane G, Collette Y, Viens P , Gonçalves A, Ginestier C, Charafe-Jauffret E, Birnbaum D, Olive D, Bertucci F, Lopez M.
