Oncologie Prédictive

Institut Paoli Calmettes

Oncologie Prédictive

Institut Paoli Calmettes

Emilie Mamessier

Responsable d'équipe

François Bertucci

Responsable d'équipe

Agathe Cohendet

Doctorante

Alice Mogenet

Doctorante

Alix Frejafon

Ingénieure

Arnaud Guille

Ingénieur

Claire Acquaviva

Chercheuse

Claire Germier

Technicienne

David Birnbaum

Chercheur-Praticien Hospitalier

Emilie Denicolai

Ingénieure

Gwenaël Lumet

Ingénieur

José Adélaïde

Technicien

Lucas Usclade

Ingénieur

Maëlle Picard

Doctorante

Marc Lopez

Ingénieur

Marine Makoa

Ingénieure

Mathieu Delattre

Ingénieur

Max Chaffanet

Ingénieur

Olivier Cabaud

Ingénieur

Pascal Finetti

Ingénieur

Pascale Tomasini

Chercheuse-Praticienne Hospitalière

Quentin Da Costa

Ingénieur

Rani Tazerart

Technicien

Renaud Sabatier

Chercheur-Praticien Hospitalier

Notre équipe regroupe des profils multidisciplinaires travaillant de concert pour développer les outils qui assureront une meilleure prise en charge des tumeurs solides agressives.

Notre priorité scientifique est de lutter contre les cancers métastatiques du sein et du côlon, agressifs ou résistants aux traitements. Pour cela nous développons des stratégies dites de « médecine de précision » (Figure 1).

Illustration équipe Oncologie prédictive département Translate-it CRCM

Figure 1. General workflow. Figure générée à l'aide de Canva.

Pour guider nos projets, l’équipe est dirigée par François Bertucci et Emilie Mamessier, deux experts reconnus dans leurs domaines respectifs.

François Bertucci est oncologue médical et pionnier du profilage tumoral. Il est également responsable du comité de recherche translationnelle à l’Institut Paoli Calmettes.
Emilie Mamessier est chercheur à l’INSERM, spécialisée en recherche de transfert.

Cette codirection permet de combiner des développements techniques et scientifiques innovants sur des questions cliniques pertinentes, le tout grâce à des échantillons précieux de patients.

Une équipe multidisciplinaire

Nos projets bénéficient de l’implication d’une équipe d’une vingtaine de membres, experts dans des disciplines variées : bioinformatique, immunologie, biologie moléculaire et cellulaire, etc.

Des équipements de pointe

En plus des équipements disponibles au CRCM, notre laboratoire dispose de moyens propres pour mener à bien nos recherches, tels que (cf figure 2):

Appareillages et robots pour le séquençage nouvelle génération (NextSeq500, Robot Magnis)
Plateforme de transcriptomique (Affymetrix) et d’hybridation génomique comparative sur puce (Agilent)
Équipements nécessaire à l’isolement d’ADN (générateur et lecteur de gouttelettes BioRad) et de cellules tumorales circulantes (Parsortix, micromanipulateur)
Dispositifs de microfluidique (Ibidi, Fluigent, pompe péristaltique)
Système d’imagerie en temps réel et microscopie
Salles de culture cellulaire dédiées aux échantillons humains

Notre mission

Ensemble, nous travaillons à :

Affiner la classification des tumeurs,
Proposer davantage d’options thérapeutiques,
Optimiser le ciblage des traitements,
Mieux comprendre les mécanismes de résistance,
Mieux comprendre les processus métastatiques.

Ceci repose sur la conception et le lancement d’essais cliniques prospectifs pour recueillir des échantillons à différents stades de la maladie et les données cliniques associées. Cette démarche est essentielle, en particulier pour les traitements récents, pour lesquels les données disponibles restent limitées.

Figure 2. Toutes les techniques/technologies utilisées dans l’équipe sont conçues pour s’adapter aux échantillons des patients et répondre aux besoins cliniques : le profilage et la classification des tumeurs, les approches computationnelles à résolution de cellules uniques, l’immunofluorescence multiplexée sur tissus FFPE, les organoïdes dérivés de tumeurs de patients (cultures simples ou complexes en co-culture), l’analyse des biopsies liquides, l’identification de nouvelles cibles et la conception de nouveaux traitements. Figure générée à l'aide de BioRender.

Mots clés

Résistance aux traitements
Cancers agressifs
Anticorps conjugués à des drogues
Cellules tumorales circulantes
Microenvironnement tumoral

Pour aborder la problématique de la résistance aux traitements, nous avons orchestré notre programme de recherche autour de 5 axes.

Les projets

Plasticité des cellules tumorales et dynamisme de la réponse au traitement

Il n'y a très peu de biomarqueurs consensuels de réponse/résistance rapportés pour chaque traitement. L'une des raisons est l'absence d'analyse résolutive d'échantillons opportuns (pré-, per- et post-traitement, et à la progression) permettant d’identifier les multiples mécanismes sélectionnés par le traitement.

Nous cherchons à pallier ce manque à l’aide de technologies récentes (RNAseq à partir d'échantillons de petite taille, dégradés et fixés au formol) et/ou des modèles précliniques (organoïdes tumoraux dérivés de patients, xénogreffes dérivées de patients…) que nous développons au laboratoire.

Ces sujets sont abordés dans les groupes Profilage tumoral et Modèles précliniques. Pour plus d'informations, contactez F Bertucci, E Mamessier

Rôle de l’hétérogénéité intra-tumorale dans la réponse au traitement

Les cellules tumorales composant une tumeur sont hétérogènes et cette hétérogénéité peut être à l’origine de rechutes précoces.

Nous souhaitons évaluer cette hétérogénéité dans différents types de cancers et à différents stades de la maladie (caractérisation au niveau du tissu et de la cellule unique), fournir des outils pour mesurer le degré d'hétérogénéité de chaque tumeur (immunofluorescence multiplexée des cellules tumorales et de leur micro-environnement), et proposer de nouveaux marqueurs et combinaisons thérapeutiques qui permettraient de surmonter cette hétérogénéité (analyse computationnelle, tests in vitro / in vivo).

Ce sujet est traité dans le groupe Hétérogénéité tumorale dans l'espace et le temps. Pour plus d'informations, contactez F Bertucci, E Mamessier et E Denicolaï.

Fournir de nouveaux traitements pour les tumeurs agressives

Lorsqu'une tumeur devient résistante à un traitement, une des stratégies est de s'attaquer au mécanisme de résistance dans le but d’obtenir une réponse durable.

Nous développons des modèles pré-cliniques qui nous permettent de tester de nouvelles combinaisons thérapeutiques, sans augmenter la toxicité globale.

Ce sujet est abordé dans les groupes Nouvelles stratégies thérapeutiques et Modèles précliniques. Pour plus d'informations, contactez F Bertucci, E Mamessier et O Cabaud.

Détection précoce de la résistance au traitement grâce aux biopsies liquides

Plus la résistance à un traitement est détectée tôt, plus vite le clinicien peut agir et proposer une stratégie thérapeutique ad-hoc.

Nous cherchons donc de nouveaux marqueurs de résistance aux traitements à partir des biopsies liquides, qui sont des méthodes peu invasives permettant d’avoir accès au matériel tumoral à partir d’une simple prise de sang.

Ce sujet est abordé dans le groupe Cellules tumorales circulantes. Pour plus d'informations, contactez E Mamessier et E Denicolaï.

Mécanismes de survie des cellules tumorales au cours de la cascade métastatique

Lorsque les cellules tumorales métastasent, elles sont exposées à des facteurs de stress et à des forces mécaniques qui peuvent les tuer. Cependant, certaines cellules développent des stratégies pour contourner ces stress et poursuivre leur voyage jusqu’à atteindre une nouvelle niche. Ce sujet est abordé au laboratoire avec E. Mamessier (identification et ciblage des mécanismes de survie en réponse au stress à partir d’échantillons dérivés de patients, tels que des tissus FFPE, des CTC et des PDTOs) ou par C. Aquaviva (approches microfluidiques).

Pour plus d'informations, contactez E Mamessier et C Acquaviva.

En résumé

Overview équipe Oncologie Prédictive département Translate-it CRCM

Les actualités de l’équipe

28 janvier 2025

Renouvellement du Label Ligue Contre le Cancer pour l’équipe Mamessier / Bertucci

L’équipe Oncologie Prédictive est fière de recevoir une nouvelle fois le soutien de la Ligue Contre le Cancer.

28 janvier 2025

Retraite du CRCM 2024 : Une journée enrichissante qui a permis de renforcer les échanges entre les équipes du CRCM.

Au cours de cet événement, le Dr Emilie Mamessier a présenté l’équipe et les travaux en cours à l’ensemble des membres du CRCM, mettant en lumière les recherches innovantes menées pour lutter contre le cancer

Toutes nos actualités

les publications à la une

05/2024

The co-expression of antigen targets as a rationale for ADC combination in urothelial cancer. Ann Oncol.

Bertucci F, de Nonneville A, Finetti P, Cohendet A, Guille A, Mamessier E

07/2016

SPAG5: the ultimate marker of proliferation in early breast cancer? Lancet Oncol.

Bertucci F, Viens P, Birnbaum D.

04/2017

Nectin-4: a new prognostic biomarker for efficient therapeutic targeting of primary and metastatic triple-negative breast cancer. Ann Oncol.

M-Rabet M, Cabaud O, Josselin E, Finetti P, Castellano R, Farina A, Agavnian-Couquiaud E, Saviane G, Collette Y, Viens P, Gonçalves A, Ginestier C, Charafe-Jauffret E, Birnbaum D, Olive D, Bertucci F, Lopez M.

11/2017

Validation and comparison of the molecular classifications of pancreatic carcinomas. Mol Cancer.

Birnbaum DJ, Finetti P, Birnbaum D, Mamessier E, Bertucci F.

08/2023

Predictive power of tertiary lymphoid structure signature for neoadjuvant chemotherapy response and immunotherapy benefit in HER2-negative breast cancer. Cancer Commun (Lond).

Bertucci F, De Nonneville A, Finetti P, Mamessier E.

08/2022

Low cholesterol biosynthesis favors epithelial-to-mesenchymal transition maintenance and influences tumor molecular subtyping and disease-free survival in colon cancer patients. Cancer Commun (Lond).

Aulas A, Liberatoscioli ML, Finetti P, Cabaud O, Birnbaum DJ, Usclade L, Birnbaum D, Bertucci F, Mamessier E.

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