Dynamique du Génome et Recombinaison

Institut Paoli Calmettes

Dynamique du Génome et Recombinaison

Institut Paoli Calmettes

Responsable d'équipe

Nous étudions la réparation de l’ADN par le mécanisme de recombinaison homologue dans les contextes mitotique et méiotique, et nous cherchons à identifier de nouveaux facteurs pouvant influencer ce mécanisme.

Les génomes sont des structures dynamiques qui évoluent par mutations ponctuelles mais aussi par réarrangements chromosomiques majeurs (GCRs, « Gross Chromosomal Rearrangements »). Au niveau d’une population, cette dynamique participe à l’évolution de l’espèce, mais au niveau de l’individu, elle est responsable de nombreuses maladies et notamment le cancer. Les GCRs incluent les translocations de bras chromosomiques mais aussi des variations du nombre de copie de grands segments chromosomiques. Les GCRs et les mutations ponctuelles se forment en partie lors de la réparation de cassures de l’ADN par recombinaison entre séquences homologues au cours de la mitose et de la méiose.

Le mécanisme de recombinaison de l’ADN entre séquences homologues est un mécanisme de réparation de différentes lésions de l’ADN, notamment des cassures des deux brins de l’ADN. Nous étudions en détails ce mécanisme à la fois dans le contexte mitotique et méiotique, et nous cherchons à identifier de nouveaux facteurs pouvant l’influencer. Pour cela, nous combinons des approches de génétique moléculaire et de génomique en utilisant des levures bourgeonnantes comme la levure de boulanger Saccharomyces cerevisiae ainsi que des espèces cousines, et nous utilisons aussi le modèle souris.

Noyaux étalés de cellules de Lachancea kluyveri arrêtées au stade pachytène de la prophase méiotique. En A, la coloration a été réalisée avec du DAPI (bleu) qui marque la chromatine, un anticorps anti-FLAG contre Rec8-FLAG (rouge) qui marque l’axe des chromosomes méiotiques, un anticorps anti-Zip1 (cyan) qui marque le complexe synaptonémal, et une sonde FISH spécifique de l’ADN ribosomique (rDNA, vert). La flèche pointe vers deux bras chromosomiques non synapsés, que l’on suppose être ceux du chromosome C. En B, la coloration a été réalisée avec du DAPI (bleu), des sondes FISH spécifiques du bras gauche (vert) et du bras droit (rouge) du chromosome C, et de l’ADN ribosomique (rDNA, blanc). La pointe de la flèche pointe vers le chromosome C. La structure du chromosome C déduite des expériences de coloration est dessinée (échelle non respectée) à droite des panneaux A et B. Barres d’échelle = 1 µm.

Chromosomes étalés de spermatocytes de souris au stade zygotene de la prophase méiotique, montrant le chromosome Y avant la recombinaison avec le chromosome X au niveau de la région PAR. En haut, marquage de la protéine SYCP3, composant de l’axe chromosomique. En bas, marquage par FISH de l’ADN total du chromosome Y (en bleu) et du minisatellite mo-2 de la region PAR (en vert). Cette image illustre la différence remarquable d’organisation de la chromatine du chromosome Y entre la région qui ne recombine pas avec le chromosome X (en bleu), axe court avec de longues boucles d’ADN et la partie qui recombine (PAR, en vert), avec un axe long et épaissi et des boucles d’ADN très courtes.

Les projets

Régulation des évènements de recombinaison qui n’impliquent qu’une seule extrémité d’ADN

Notre premier axe de recherche porte sur la régulation des événements de recombinaison impliquant une seule extrémité d’ADN. Ces événements sont connus pour générer des réarrangements chromosomiques (GCRs) et sont particulièrement mutagènes.

Bien que ces événements soient généralement réprimés, ils peuvent se produire en dernier recours pour réparer l’ADN endommagé. Ils jouent également un rôle clé dans le maintien des extrémités des chromosomes, appelées télomères, dans une fraction significative des cancers de type « ALT ».

Régulation de la recombinaison au cours de la méiose

Notre second axe de recherche porte sur la régulation de la recombinaison au cours de la méiose, la division cellulaire qui génère les gamètes et qui est essentielle à la reproduction sexuée.

La recombinaison méiotique fait partie d’un programme cellulaire rigoureusement contrôlé. Elle joue un rôle clé dans la ségrégation correcte des chromosomes et contribue au brassage génétique. Après avoir étudié en détail la dynamique des échanges entre molécules d’ADN lors de la recombinaison méiotique, nous nous intéressons désormais à l’impact du polymorphisme de l’ADN sur l’efficacité de ce processus.

Le polymorphisme de l’ADN, naturellement présent dans les populations, engendre des mésappariements de bases lors de la recombinaison. Ces mésappariements sont détectés par une machinerie protéique qui peut soit les réparer, soit éliminer les intermédiaires de recombinaison. Ce mécanisme permet d’assurer une recombinaison allélique efficace tout en prévenant la recombinaison entre séquences homologues non alléliques, sources potentielles de réarrangements chromosomiques (GCRs).

Étude de la recombinaison méiotique chez des levures bourgeonnantes cousines de S. cerevisiae

Un troisième axe de recherche porte sur l’étude de la recombinaison méiotique chez des levures bourgeonnantes cousines de Saccharomyces cerevisiae.

Nous nous intéressons particulièrement à un mécanisme encore incompris qui inhibe la recombinaison méiotique sur l’intégralité du bras du chromosome portant le locus déterminant le type sexuel chez la levure Lachancea kluyveri.

Ce mécanisme pourrait apporter un éclairage nouveau sur une voie d’émergence des **chromosomes sexuels**, qui sont souvent caractérisés par une extinction massive de la recombinaison méiotique.

Étude de la régulation de la recombinaison entre les chromosomes sexuels lors de la méiose mâle chez la souris

Le quatrième thème du laboratoire est l’étude de la régulation de la recombinaison entre les chromosomes sexuels lors de la méiose mâle chez la souris. Contrairement aux paires d'autosomes, le défi pour les chromosomes X et Y chez les mammifères mâles est de recombiner dans leur région d'homologie très limitée appelée région pseudoautosomique (PAR), afin d'assurer leur bonne ségrégation à la méiose I.

Pour assurer cette recombinaison, le minisatellite mo-2 présent dans le PAR et l'hyperaccumulation de facteurs pro-recombinaison établissent respectivement une régulation en cis et en trans.

Nous cherchons à caractériser davantage le protéome associé au PAR, à affiner la caractérisation de sa structure chromatinienne particulière et à étudier son évolution puisque son minisatellite associé mo-2 favorise probablement une évolution rapide.

Les actualités de l’équipe

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les publications à la une

03/2024

Legrand S, Saifudeen A, Bordelet H, Vernerey J, Guille A, Bignaud A, Thierry A, Acquaviva L, Gaudin M, Sanchez A, Johnson D, Friedrich A, Schacherer J, Neale MJ, Borde V, Koszul R, Llorente B.

06/2022

Uribe-Calvillo T, Maestroni L, Marsolier MC, Khadaroo B, Arbiol C, Schott J, Llorente B.

04/2018

Marsolier-Kergoat MC, Khan MM, Schott J, Zhu X, Llorente B.

09/2012

Costelloe T, Louge R, Tomimatsu N, Mukherjee B, Martini E, Khadaroo B, Dubois K, Wiegant WW, Thierry A, Burma S, van Attikum H, Llorente B.

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PhD student, Aix-Marseille University
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industry, India
Co-tutor of Marie Dorme
PhD student, Aix-Marseille University
Defense: June 2022 - present: staff scientist, industry, France
Tutor of Tannia Uribe
PhD student, Aix-Marseille University
Defense: September 2021 - present: research engineer, AMU
Tutor of Muntaz Khan
Ligue Nationale Contre le Cancer postdoc
present: research engineer, CRCL
Tutor of Jonathan Schott
Master student 2 and half PhD, Aix-Marseille University
present: dentsit
Tutor of Raphaël Louge
Master student, Ecole Pratique des Hautes Etudes, Paris
present: staff scientist, industry, France
Tutor of Basheer Khadaroo
ATIP postdoc
present: high school teacher

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